У меня постоянно слетают горячие клавиши в сусе (я часто пользуюсь Alt+F2 и горячими клавишами в amarok). До этого дня приходилось перезагружаться или пользоваться мышкой как в винде, но экспериментальным путем сегодня выяснилось, что:

Переход на другую консоль (Ctrl + Alt + F1..7) чудесным образом возвращает функциональность горячих клавиш.