После восстановления пароля рута на одной машине столкнулись с такой проблемой: пользователь не мог выполнять команды от рута, хотя при этом под рутом вполне можно было логиниться.

Для решения проблемы, смотрим на права файлика /bin/su:

ls -l /bin/su

Скорее всего появится:

-rwxrwxr-x

А должно быть:

-rwsr-xr-x

C чтением/записью/выполнением все ясно, но нам нужно добавить еще suid бит, сделать это можно вот так:

chmod u+s /bin/su

После этих манипуляций все заработало как надо.